Ésta es una lista básica de las sustancias químicas que aparecen en la saga Submachine. Todas ellas existen y son utilizadas en el mundo real.
Anhídrido ácido[]
Es un tipo de ácido sintetizado en Submachine 4. Se forma a partir de la reacción entre un óxido y agua, que forman agua. El nivel de acidez del compuesto resultante varía dependiendo del nivel de oxidación y de su capacidad de disociación. No se sabe con exactitud qué anhídrido de ácido es sintetizado en Submachine 4, pero teniendo en cuenta sus elevadas propiedades de corrosión, se deduce que se trata de un ácido fuerte.
Ácido cítrico (C6H8O7)[]
El ácido cítrico es un ácido orgánico débil presente en los limones, las limas y en la mayoría de frutos cítricos.
Molécula de ácido cítrico.
En Submachine 5 es utilizado para corroer una Caja Metálica que contiene una Gema de la Sabiduría. 
El hecho de que el ácido cítrico, tan habitual en la vida cotidiana, no sea lo suficientemente fuerte como para deshacer el metal en la vida real, lleva a la inevitable cuestión de por qué éste en concreto puede. Se han sugerido varias teorías. La principial establece que en la Submachine las leyes de la química son diferentes, por lo que el ácido cítrico podría ser más fuerte que el del mundo real. Otra posibilidad es que la bañera contenía inicialmente ácido cítrico, pero que por algún motivo ese ácido fue reemplazado por otro más poderoso. También se sugiere que la caja esté fabricada con un metal que pueda ser disuelto por el ácido cítrico, o bien que el letrero de la bañera estuviera mal colocado desde un principio.
Oro (Au)[]
Oro.
El oro es un metal valioso que se utiliza en Submachine en la fabricación de varias estatuas. Es un elemento químico de número atómico 79, cuyo símbolo es Au (del latín, aurum). El oro es pesado pero blando; y en estado puro es el metal más maleable y dúctil. También puede ser moldeado fácilmente. El oro también presenta una gran resistencia a los ácidos, motivo por el cual no pierde su brillo.
La moneda dorada de Submachine 1 no está hecha de oro como tal, sino de una aleación de cobre conocida como oro nórdico.
Trióxido de hierro (Fe2O3)[]
La nomenclatura sistemática de este elemento es Óxido de hierro (III) o bien óxido férrico. Sin embargo, la IUPAC también acepta trióxido de dihierro. En laboratorios se suele emplear la simplificación "Trióxido de hierro". Posee varias apliaciones, la mayoría de ellas en el ámbito de la cerámica. Cuando se mezcla con agua, jabón y naftaleno en Submachine 4, hipotéticamente libera una cantidad notable de átomos de oxígeno e iones de hierro.
Naftaleno (C10H8)[]
El naftaleno, más conocido por su nombre comercial naftalina, es un compuesto orgánico cuya aplicación más conocida es la de repelente de polillas en forma de bolas sólidas de color blanco. En Submachine 4, mezclada con agua, jabón y trióxido de hierro, reacciona para dar lugar a un ácido desconocido.
Agua (H2O)[]
El agua es un compuesto químico encontrado en la Tierra en sus tres estados, como hielo,
Lugar de síntesis del ácido en Submachine 4.
agua líquida y vapor. Actúa como disolvente universal, de tal forma que todos los ácidos necesitan estar en solución acuosa para poder ser utilizados en laboratorios.
Debido a la forma que adquiere su molécula y a la polaridad de la misma (gran electronegatividad de los átomos de oxígeno), todas las sustancias iónicas se disuelven en agua mediante un proceso conocido como solvatación iónica.
En el juego, el agua posee múltiples aplicaciones. Un exceso de presión en las cañerías del agua es empleada en Submachine 1 para obtener la Perla Vieja, y en Submachine 4 interviene tanto para formar el ácido como para conseguir el Cetro. También aparecen referencias al agua como elemento fundamental en Submachine: 32 Chambers.