秘密是Submachine系列中的额外元素，这些元素对于通关不是必需的。它们通常用于揭示额外的游戏知识的奖励，并帮助回答一些系列中的角色和事件之间的联系的问题。
Sub2[]
在Submachine2中，秘密只是一种成就。它们也出现在Submachine2草稿版中，亦作为一种成就出现。
Sub3[]
这些“秘密文件”只能在Submachine3的高清版中找到。它们被认为是秘密的，因为它们不在关卡0的主线中。
周期[]
房间每隔一个周期重置一次。
坐标器很快就会重新出现。
如果我只知道我在哪个周期……
标记这张纸[]
他说我每次通过时都会标记这张纸。
失去的同伴[]
永远不要远离中心。
永远。
我有一个同伴。
她说她想检查这些房间能走多远。
之后我再也没有见到她。
我以前来过这里[]
我以前来过这里！
我记得那些该死的循环房间。如果我能记得这些东西是怎么回事就好了。一些机器能够解除前往其他地方的限制，坐标器显示我的坐标！是的！显示坐标的坐标器！但是现在这里没有坐标器。
该怎么办？……
Sub4[]
在Submachine4中，有21个秘密。在获得所有21个并前往幸运室之后，玩家可以查看Mateusz Skutnik的5张图片和简短陈述以了解Sub4的制作过程。
在线版中有22个可能的秘密，附加建筑中有第22个。此秘密和地点在高清版中被删除。
以下列出了图片和陈述。SD版的图片列在HD版的图片下方。
从我的窗户向外看[]
“这是从我的窗户向外看的样子。我知道，总有一天我将把它用在某个游戏上，
这很能激发我的灵感。因此当我思索Submachine3的结束语时瞬间就想到了关于屋顶的主意。结束语说道：你应该会到达实验室，或者那附近。
在屋顶上，或者其他什么地方……”
工作的地方[]
“这是我工作的地方。桌子上有很大的空间真是极好的，足够放两台电脑，以及其他来自水彩画的垃圾（如果你真的不知道的话——我也创造图画小说，大多数图画是水彩画）。除此之外，这张桌子也足够给那些我清理完桌子以后奇迹般出现的没用的东西提供空间。”
爱因斯坦[]
“一只能够转换空间的神奇黑猫，在Submachine2：灯塔中被称为爱因斯坦。好吧，虽然我不那么肯定，但是这是一个不错的灵感。”
造船厂[]
“那不是很美吗？我住在一座造船厂的附近，经常有机会去那里，那个地方巨大、荒芜，堆满了机器，旧管道，阀门等。也许我应该带我的相机去，拍大约1500张照片，然后把它们编译成一个大型游戏。不，等等，已经有人做过这事了，有没有玩过99个房间？”
打字机[]
“这是我的打字机。也许不太像Submachine2的那一个，但它是激发我把一个打字机放入那个游戏的灵感的主要因素。你可以看到，很多出现在Submachine系列游戏中的东西都能在我的现实生活中找到，除了那台可以将你在Submachine世界的不同区域之间传送的实验室传送机！”
SD版图片[]
Sub5[]
在Submachine5中，有五个以青铜球形式存在的秘密。完成游戏后，会出现包含返回主菜单或转到秘密地点的选项。
秘密地点与Submachine4中的幸运室相同，并且5张秘密图片采用幕后的Sub5的制作，并介绍下一部游戏。
以下列出了Submachine5中幸运室内的内容：
引言[]
“欢迎来到秘密区！
这里被称为“秘密区”，不是因为它是隐藏的，而是因为你可以在这里使用你在游戏中发现的秘密小球。本部分有作者（就是我，:-D）的评论。我将解释本游戏比较有趣的方面（在我看来）如果您的秘密小球用完了，但还想继续探索这里——你可以随时左转并点击合适的选项，以便回到游戏寻找更多的秘密小球。本游戏总共有5个秘密小球。”
计算机[]
“你要知道，在点击指向游戏设定的操作方面上，我喜欢不走寻常路。比如说，你找到了一台关闭的计算机。在所有其他游戏中，你都必须找到一根电源线，打开电源，获得打开计算机的密码，还要找到一个带有有用信息的CD或磁盘。
但在这里，你只要按下电源键——瞧！信息立即出现了，就像在现实生活中一样。:-D”
有多少组合？…[]
“正如我们从图上可以清楚看到——我们没有看到全部根源地点，只要看这一小部分。我们找到了两块密码板，而这就能让我们访问六个地点。等一等，刚开始的时候，不是有六个密码板吗？
谁能告诉我六个密码板有多少种组合？有谁能告诉我吗？
反正很多……”
二维环境的三维谜题[]
“这个问题我思考了很久。由于Submachine系列游戏是2D的（你可以上，下，左、右移动）——那么在这种情况下，我如何才能给游戏再增加一些深度？三维谜题？看，这就是我创造三维谜题的笨拙尝试。想象一下，为了将谜题放在正确的地方，得绕着中央房间转。如果有九个按九宫格布局的房间，你就可以一直转下去，然后中间有一个房间。咔——嘣！”
甜蜜的回忆…[]
如果你没注意到的话——那个解决了就能打开通向Submachine2的一个部分的门的谜题（信不信由你，那些门在Submachine2也出现了）和Submachine1的几乎一样。你找到三个开关，必须把这三个开关扳动到正确的位置，还有一个令管道过热爆炸的阀门，管道爆炸后谜题就解决了。这是不是标志着我没有新的灵感了？我在此领域的创造力是不是就此终结了呢？ 呐，那是我故意的。
Submachine6？…[]
“五个秘密小球全部被你找到了。祝贺你！！那意味着你是一个Submachine迷，可能你想玩更多的Submachine游戏。放心，我肯定会制作Submachine6，很可能是今年（2008年）开始制作。我们坐着这台像卡车一样的移动舱去哪里？我想向你展示Subnet的外缘，也就是防御系统。
满意吗？:-D
再次感谢您游玩本游戏——你太牛叉了！”
Sub6[]
Submachine6中的秘密系统与之前的Submachine游戏不同。这一次，秘密以隐藏房间的形式显现，有文件或图片或地图。
目的[]
我是被墨塔夫送来的。
当然是他了，不然还有谁。
我的目标是禁用防御系统，这样就能入侵Subnet的核心。我知道我不是第一个被派遣出的。我知道至少有5人在我之前。
虽然很难接受，但是听着：
正如我不是来这里的第一个一样，你可能也不会是最后一个来的。
墨塔夫的游戏[]
我从来没有想到玩墨塔夫的游戏会把我带到这里。
我从未想过我将不得不做出选择，我只是遵循他的命令而已。
当我想改变立场的时候，已经太晚了。对你，也许也一样。
但是如果你有机会……
去找丽。她将指导你。如果他是探索者，她就是解铃者。
托特[]
托特
守护：知识、秘密、写作、和抄写员。
外貌：一个有着朱鹮头的、拿着抄写员的翡翠石板和笔的男人。他有时候也以整只朱鹮或者狒狒的形象出现。
描述：托特是一个不寻常的神。虽然有些故事把他描述为拉的儿子，但也有人说托特通过语言的力量创造了自我。他是魔法的创造者，书写的发明者，凡人的教师，神明的使者（所以希腊人到最后就把他和赫尔墨斯等同起来了），神迹的记录者和仲裁者。
他也测量和记录时间。
损坏的传送机的信息[]
原型传送门2/32
为了让维修装置在Subnet的不同区域之间穿梭，原型传送门应运而生。
原型传送门开始和人类接触，为了让原型传送门能够传输人类，对原型传送门进行了逆向工程。
主要功能被删除。
作为病毒感染能够传播的主因，原型传送门被认为是失败的。
人类感染地图[]
Sub7[]
在Submachine7中有5个秘密，形状为棕色象徵。
象徵可用于称为超级秘密奖励部分的秘密地点。里面有5个屏幕，5个象徵可以放在里面，显示一个秘密。屏幕系统像Sub5一样工作。
欢迎消息[]
欢迎来到超级秘密奖励部分
恭喜找到这里
你可以看到我制作游戏的心得
前提是你能找到那些象徵……
Mateusz Skutnik，2010年12月
绘画[]
那些画是我在学建筑时完成的，回想那些日子，12年前，我醉心于画画只因我相信有一天我可以用上它们，现在你知道，它们出现在这款游戏里。
礼物[]
你可以在Submachine世界里找到我很多我喜欢的参考物。
——蓝色能量线是对电影《创世纪》的致敬；
——时空图层-〉谢尔盖·卢基扬年科的电影《决战夜》；
——蘑菇-〉Amanita设计工作室；
还有很多……
你可以试着去找到更多然后评论它们。;)
荧光生命[]
深海与穴底生物都有一个共同点：荧光。
它会出现在缺乏光线的环境里。
除了好看之外，这种特性非常适合Submachine宇宙。
凡尔赛宫花园[]
Submachine的图像与现实地图的叠加。
那只是个花园。它是凡尔赛，在法国巴黎附近。凡尔赛花园曾经是凡尔赛宫的一部分。48°48'29"N，2°6'30"E
伟大的事情[]
墨塔夫的业力门正在粉碎这个时空，就像我正在粉碎你们对Submachine的期待。这一部，我觉得比以往任何一部更进一步地推动了整个故事。我们正在加快速度，还剩3部。
伟大的事情摆在我们面前，大家节日快乐。
Mateusz Skutnik，2010年12月15日。
Sub8[]
Sub8中的秘密被呈现为通过小绿石球解锁隐藏文本片段。Sub8中总共有5个秘密，因此会在秘密集线器中解锁了5条消息，一旦获得至少一个秘密球，就可以在主菜单上找到。它们包括以下内容：
后悔[]
墨塔夫：
要说若有什么让我感到后悔，那就是所有我送去边缘的人没有一个能再回来这件事。连一个都没有。我想这将会在我的余生纠缠着我……
伊丽莎白：我知道。
循环和结[]
——你以前去过的地方称为循环？
——当然了。
——看，这个结就是循环。好吧，也许不是，但是它有同样的作用。
——既然如此……第5层有什么重要的？
[删除]
[删除]
[删除]
不是怪胎[]
——为什么这个怪胎只对伊丽莎白说话？
——你问错问题了。你应该要问：为什么他不跟我们说话。而答案也很简单：因为他没看见我们。这是否使他成为一个怪胎？那倒不见得。不过起码那代表他可以很专注。
不可能[]
——但那是不可能的！他不可能在同时身处于不同的维度中！
——不可能？那是什么意思……？
维度[]
——难道他不知道他的业力门正在摧毁这个维度吗？
——这个维度？你是说这个第三维度吗？你知道这个甚至不是最原始的版本，对吧？你觉得什么比较重要——原始的，还是有缺陷的复制品？
Sub9[]
游戏结束后，玩家可以继续玩游戏。在第8层，有一个秘密区域，通往纳塔罗阇室的业力门，这里有一个湿婆的金色雕像作为纳塔罗阇。秘密可以（按升序）放入湿婆的四只手中，另一只放在他的王冠上。每个放置的秘密将打开一个绿色的业力门，玩家可以在金字塔和神殿周围的场景找到每个可解锁的秘密。
图层[]
——大家都知道现实有七大层。
——对，这是常识。
——但事实上除此之外其实这世界还有一层，一个常常被误认为是时间的第八层。
——可若它不是时间，那它是什么？
——它是光。你看，当你在穿过被时间定住的原子场时，摩擦会让它们发散出一种可见光，出现在你的路径中。但要记住，这些光的存在并不是为了引导你，你才是引导光的人。 要做什么，要去哪里，一切都是由你决定的。
历史[]
——这怎么可能呢？竟然还有人不断通过循环进来试着关掉防御系统？都已经过这么久了……
——不然你要我怎样，破坏他的发明？破坏整座设施？
——我不知道…也许吧…
——你在谈论的是要摧毁我们的历史，那接下来呢？焚书吗？
——当、当然不是。但也许我们可以…弄个标志？让他们知道已经不用再关闭防御了？
——那那些进入了第八层的人怎么办？
——我的错…
在某处交织在一起[]
墨塔夫从没说过他是为了复仇。不过从很久以前开始他就已经习惯被误解了。当时他们还没有能打到七层的子弹。
所以他们唯一的选择是前往结界与他见面，到那个所有维度汇聚的地方。然后等墨塔夫前来。
而当他终于出现时，墨塔夫总算能看到发生了什么。他跪倒在地。接着她走向他、坐在他身旁，然后开始交谈。
子弹没有打到他们。
第三命运[]
在第二次启蒙后，墨塔夫决定奉献他的一生，复原自己造成的混乱。但当几个主层在他的努力下渐渐回复生机时，第三层却仍旧残破不堪。
墨塔夫原先便是来自这里，因此他没有任何方法将第三层变回原先的模样。他常常说这件事对他而言就像根刺插在心上，而这持续纠缠着他，直到那天湿婆以未来的智慧慰藉了他。
当时墨塔夫正行将就木，而就在他吐出最后一口气之前——那道光前来迎接了他并向他展示了将至的未来。我们相信他在那一刻成为永恒。
探索者和治愈者[]
如果他是探索者，她就是治愈者。如果他是小孩子，她就是大姐姐。当他不能理解的时候，她知道那不是他的错。当他跌倒了，她会扶他起来。当他们想要杀了他时，她为他解释。
当他死了，她谨记着他的言语。当她死了，我们把她葬在他旁边。他们一起沐浴于湿婆的光芒下。你的旅程也差不多要结束了。
恭喜你。你已经达到了理解一个一维空间的人的内心的最高水平。
如果你想离开这里，湿婆会引导你，跟着他就好。
Sub10[]
秘密可以在防御系统走廊中被称为S3C区的秘密地点使用。在内部，五个秘密可用于禁用保护秘密屏幕的红色激光，其余五个可用于相应的基座以激活屏幕，以便在每个屏幕上显示秘密消息。
不孤独[]
我们在Submachine里是孤独的吗？唔，嗯，但你总能感觉到身边有人，做着和你在Submachine里同样的事。只不过是隔了一个亚层而已。合乎情理，对吧？
阳光兔子女孩17[]
阳光兔子女孩17身上发生了什么？别担心，我照顾好她了。我把她转移到了第一层，当我不在那里时她替我照顾爱因斯坦。
无数多的亚层[]
我可以随时回到Submachine中吗？当然。这里还有很多人被困在其中。我的任务就是无数多的亚层内找到他们，并把他们带回家。
一切真实存在[]
Submachine是真实存在的吗？还是只是一场梦？如果Submachine只是一场梦，那我现在还没有醒来。我的意思是，就我所知，它是真实存在的，所有的一切。
感谢[]
衷心感谢你的游玩，感谢你找到了所有的秘密，感谢你一直以来的热爱。对我而言，这是持续了10年的漫漫旅途，我知道对你来说也是如此。谢谢你，我们下个游戏再见！
Mateusz Skutnik
